Fu fondato nel 1959 da Gerš Ickovič Budker e dopo la sua morte nel 1977 l'istituto cambiò il nome in suo onore. Il titolo ufficiale in russo è Институт Ядерной Физики имени Будкера (Сибирского Отделения Российской Академии наук) o abbreviato ИЯФ (СО РАН).
Il centro impiega circa 3000 persone: 440 ricercatori, 60 ricercatori dottorandi, 760 ingegneri, 350 tecnici di laboratorio e 1300 lavoratori. Fra i collaboratori dell'Istituto Budker ci sono 5 accademici dell'Accademia russa delle scienze, 6 membri corrispondenti, 60 dottori di scienza, 160 dottori di ricerca. L'istituto viene diretto dal consiglio scientifico - chiamato "Tavola rotonda" - e collabora in ricerca ed istruzione con la vicina Università statale di Novosibirsk.