Nel 1831 divenne professore di botanica, e curatore dei giardini botanici a Breslavia. Nel 1852 divenne direttore dei giardini botanici.
Egli era particolarmente noto per il suo lavoro in paleobotanica, nella quale scrisse molti articoli.
Göppert effettuò delle ricerche approfondite sulla formazione del carbone e del ambra, e condusse dei studi comparativi sulla flora e sui fossili. Nel 1840, dimostrò l'esistenza delle cellule vegetali nel carbon fossile, nella quale, con la sua ricerca, concluse il lungo dibattito sull'origine del carbone.[1] La sua collezione privata di esemplari di flora fossile fu considerata la più bella del mondo.[2]