Nacque a Raisinville (Michigan) da Joseph Atkinson e Josephine Fish.
Dal 1878 al 1883 frequentò l'Olivet College e nel 1884 si trasferì alla Cornell University dove si laureò nel 1885; nello stesso anno ebbe l'incarico di assistente di entomologia e zoologia generale alla University of North Carolina (UNC), dove diventò successivamente professore associato.
Nel 1887 sposò Elizabeth S. Kerr, figlia di W. C. Kerr.
Atkinson ha identificato una buona parte della flora micologica americana. Egli fu anche ricercatore e pubblicò su: Botanical Gazette, Botanisches Centralblatt, Centralblatt für Bacteriologie und Parasitenkunde, e The New Systematic Botany of North America.
Si occupò anche di aracnologia, fra il 1886 e il 1890 scrisse alcune pubblicazioni sui ragni della famiglia Cyrtaucheniidae.
Pubblicazioni
Di seguito si elencano alcune pubblicazioni di Atkinson:
(1886) "Descriptions of some new trapdoor spiders; their nests and food habits" su Ent. Amer. 2, pp.109-117, pp.128-137
(1888) "New instances of protective resemblance in spiders" su Amer. Natural. 2, pp.545-546.
(1908) "A parasitic alga, Rhodochytrium spilanthidis Lagerheim, in North America" in Botanical Gazette 46 pp. 299 - 301
(1908) "Observations on Polyporus lucidus Leys. and some of its allies from Europe and North America" in Botanical Gazette 46:5 pp. 321 - 338
(1909) "Some problems in the evolution of the lower fungi" in Annales Mycologici (Annals of Mycology) 7 pp. 441 - 472
(1909) "Some fungus parasites of algae" in Botanical Gazette 48 pp. 321 - 338
(1915) "Phylogeny and relationships in the Ascomycetes" in Annals of the Missouri Botanical Garden 2:1 pp. 315 - 376
(1918) "Six misunderstood species of Amanita" in Memoirs of the Torrey Botanical Club 17 pp. 246 - 252
(1918) "The genus Endogone" in Memoirs of the Brooklyn Botanical Garden 1 pp. 1 - 17
(1918) "Charles Horton Peck" in Botanical Gazette 65 pp. 103 - 108
(1918) "The genus Galerula in North America" in Proceedings of the American Philosophical Society 57 pp. 357 - 374
(1918) "Preliminary notes on some new species of agarics" in Proceedings of the American Philosophical Society 57:4 pp. 354 - 356
(1918) Collybia campanella Peck, and its near relatives in the Eastern United States