Questa voce raccoglie le informazioni riguardanti l'FK Rostov nelle competizioni ufficiali della stagione 2006.
Stagione
Il Rostov raggiunse una tranquilla salvezza, conquistando il dodicesimo posto.
In Coppa di Russia superò nel doppio confronto il Chimki (nonostante la sconfitta casalinga) ai sedicesimi di finale; ebbe poi facilmente la meglio sul Rubin agli ottavi, mentre ai quarti fu eliminato dalla Dinamo Brjansk.