Si laureò in filosofia all'Università di Graz e fu per un certo tempo professore di discipline filosofiche nella stessa università. Nel 1838 si iscrisse all'Università di Vienna, dove si laureò in giurisprudenza. Qui subì l'influenza del filologo e linguista sloveno Jernej Kopitar. Abbandonò gli studi di diritto e dedicò il resto della sua vita soprattutto allo studio delle lingue slave.
Nel 1844, ottenne un posto alla Biblioteca Imperiale di Vienna, dove rimase fino al 1862. Nel 1844 pubblicò una recensione della Grammatica comparativa di Franz Bopp, che attirò l'attenzione degli ambienti accademici viennesi. Questa pubblicazione fu la prima di una lunga serie di saggi, nei quali Miklošič diede prova di un'immensa erudizione. La sua opera segnò una rivoluzione nello studio delle lingue slave.
Nella Primavera dei popoli del 1848, Miklošič si impegnò attivamente nel movimento nazionale sloveno. Era presidente del circolo politico Slovenija, organizzato dagli studenti sloveni delle università di Graz e di Vienna. Insieme con Matija Majar e Lovro Toman, fu uno degli autori di una petizione politica per una Slovenia unita. Dopo il fallimento dei moti rivoluzionari, ritornò alla sua attività esclusivamente accademica.
Opere principali
Lexicon linguae slovenicae veteris dialecti, 1850 (1862-65 con il titolo Lexicon Palaeoslovenico-graeco-latinum)
Vergleichende Grammatik der slavischen Sprachen, 4 Bde., 1852–75
Vergleichende Formenlehre der slavischen Sprachen, 1856, consiste essenzialmente nel III volume di Vergleichende Grammatik, gli valse il premio Volney
(DE) Franz Miklosich (Voce di Katja Sturm-Schnabl, p. 186-193) in: Marija Mitrović, Die Geschichte der slowenischen Literatur von den Anfängen bis zur Gegenwart. Aus dem Serbokroatischen übersetzt, redaktionell bearbeitet und mit ausgewählten Lemmata und Anmerkungen ergänzt von Katja Sturm-Schnabl. Klagenfurt/Celovec – Ljubljana/Laibach – Wien/Dunaj 2001. 617 p. (Mohorjeva-Hermagoras) , ISBN 978-3-85013-834-5 ([1]).
(DE) Walter Lukan (Hg.): Franz Miklosich (Miklošič): neue Studien und Materialien anläßlich seines 100. Todestages. Wien 1991 (= Österreichische Osthefte: Sonderheft 33).
(DE, SL) Katja Sturm-Schnabl, Der Briefwechsel Franz Miklosich's mit den Südslaven = Korespondenca Frana Miklošiča z Južnimi Slovani, Obzorja, Maribor 1991, XXIV, 855 S., ISBN 86-377-0565-0.
(DE) Katja Sturm-Schnabl, Franz Miklosich als Wegbegleiter bei der Entstehung der ukrainischen Schriftsprache. In: Juliane Besters-Dilger, Michael Moser, Stefan Simonek (Hg.), Sprache und Literatur der Ukraine zwischen Ost und West – Мова та література України між сходом і заходом. Bern; Berlin; Bruxelles; Frankfurt am Main; New York; Oxford; Wien: Lang 2000,195 – 209.
(DE) Katja Sturm-Schnabl, Franz Miklosich – ein „Europäer“ im 19. Jahrhundert. Riassunto
(EN) Katja Sturm-Schnabl, Fran Miklošič, An Early Visionary of European Integration in Philological Studies. The Difficult Path Towards the Acceptance of the Concept of Diversity and Plurality. [2]Archiviato il 1º giugno 2008 in Internet Archive.
(SL) Katja Sturm-Schnabl, Aktualnost Miklošičevega znanstvenega dela in misli. In: Jezikovni zapiski, Glasilo inštituta zs slovenski jezik Frana Ramovša ZRC SAZU 10/2(2004)19 – 46.