Nella stagione 2016 l'Inter Turku ha disputato la Veikkausliiga, massima serie del campionato finlandese di calcio, terminando il torneo all'undicesimo posto con 32 punti conquistati in 33 giornate, frutto di 7 vittorie, 11 pareggi e 15 sconfitte[1], accedendo così allo spareggio promozione/retrocessione contro i concittadini del TPS, vinto grazie alla vittoria per 2-0 nella partita di ritorno e mantenendo la categoria[2]. In Liigacup è stato eliminato al termine della fase a gironi, avendo concluso al secondo posto il suo girone[3]. In Suomen Cup è sceso in campo a partire dal quarto turno, raggiungendo il sesto turno dove è stato eliminato dal PK-35 Vantaa.
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