Il 9 agosto 1959 è stato ordinato presbitero per l'Opus Dei a Madrid. In seguito fu cappellano dei circoli giovanili e delle residenze universitarie maschili e femminili di San José, in Costa Rica, dal 1959 al 1961; cappellano delle residenze universitarie maschili e femminili di San Salvador dal 1962 al 1983; cappellano del Centro culturale "Buenos Aires" di San Salvador; consulente dell'Istituto per la cooperazione e l'educazione familiare (ICEF); promotore e cappellano del Centro culturale Sirama per la formazione delle donne a livello operativo; membro della commissione nazionale per la preparazione spirituale alla venuta di papa Giovanni Paolo II in El Salvador e vicario delegato della prelatura della Santa Croce e Opus Dei in El Salvador.[1]
Diresse numerosi di corsi di ritiro, conferenze, corsi di religione a vari livelli, sia superiori che elementari, e rivolti a tutti i tipi di persone, uomini e donne, di tutte le età e condizioni.[1]
Poco dopo fece una serie di spostamenti del personale arcivescovile, chiuse dei programmi diocesani e modificò il curriculum di studi del seminario diocesano. Sáenz difese la sua posizione dicendo che la Chiesa dovrebbe parlare a nome dei poveri e dei bisognosi ma non dovrebbe mai essere coinvolta nell'attivismo o nella politica.
Sostenne la causa della canonizzazione del suo predecessore, monsignor Óscar Romero, del quale era stato amico e confessore. Lo stesso giorno del suo assassinio accompagnò monsignor Romero ad un'attività di formazione, in cui si discusse della guerra cristera e del beato Miguel Agustín Pro. Poi lo portò in macchina all'ospedale della Divina Provvidenza, nella cui cappella sarebbe stato assassinato ore dopo, mentre presiedeva la celebrazione eucaristica.[1][7]
Nel 1996 accolse papa Giovanni Paolo II nella sua seconda visita in El Salvador.[1]
Dal 1998 al 27 dicembre 2008 fu presidente della Conferenza episcopale di El Salvador.[1]
Il 19 marzo 1999 presiedette l'inaugurazione della nuova cattedrale metropolitana del Divino Salvatore del Mondo a San Salvador, la cui costruzione durava dal 1956.[1] Nel 2001 dovette affrontare la grave distruzione lasciata nel Paese dai terremoti di gennaio e febbraio di quell'anno, promuovendo progetti di ricostruzione con l'aiuto di gruppi ecclesiastici stranieri.[1] In diverse occasioni durante il episcopato, criticò la promozione dell'aborto e dei contraccettivi, sostenendo l'organizzazione cattolica "Sí a la Vida".[8][9] In qualità di presidente della Conferenza episcopale, si espresse in più occasioni contro lo sfruttamento eccessivo delle risorse minerarie del paese per i danni che provoca alle persone e all'ambiente.
Il 27 dicembre 2008 papa Benedetto XVI accettò la sua rinuncia al governo pastorale dell'arcidiocesi per raggiunti limiti di età.[1][10]
Morì a La Libertad alle ore 5:50 del 28 aprile 2022 all'età di 89 anni per la malattia di Alzheimer, di cui soffriva dal 2012 e che ne aveva limitato notevolmente l'attività pastorale.[1][11][12] Le esequie si tennero il 2 maggio alle ore 10 nella cattedrale metropolitana del Divino Salvatore del Mondo a San Salvador e furono presiedute da monsignor José Luis Escobar Alas, arcivescovo metropolita di San Salvador. Al termine del rito fu sepolto nella cripta dello stesso edificio.[1][13][14][15][16][17]
(ES) Estamos siendo invadidos por la perversión, su lacomunidad.elpais.com, 10 maggio 2009. URL consultato il 5 luglio 2022 (archiviato dall'url originale il 2 aprile 2010).