Inizialmente Elisabetta Cristina, fervente protestante, rifiutò le nozze poiché esse implicavano l'inevitabile conversione al Cattolicesimo[3], necessaria per sposare un principe della Casa d'Asburgo. La sua conversione fu frutto dell'opera di convincimento del teologo luterano Johann Fabricius, cui si era rivolto il Duca Antonio Ulrico. A tal fine, egli redasse un parere in cui affermò che tale conversione non avrebbe contrastato con la volontà divina. Poiché Dio, secondo Fabricius, desiderava dare Elisabetta Cristina alla Spagna come sua regina, e poiché tale Paese era cattolico, era non peccaminoso convertirsi al cattolicesimo. Sulla base di questo parere, dopo molte proteste, alla fine la principessa capitolò e il 1 maggio 1707 si convertì ufficialmente a Bamberga. Fu istruita nel cattolicesimo da sua suocera, l'imperatrice Eleonora[3]. Prima delle nozze, fu costretta a sottoporsi a una visita medica per dimostrare la sua fertilità da un medico e dal confessore gesuita di Carlo[4].
Poiché Filippo aveva già generato un erede, Elisabetta Cristina fu immediatamente costretta a averne uno[4]. Durante la sua permanenza in Spagna, aveva una lunga corrispondenza con sua madre, che secondo quanto riferito, era una consolazione per la continua pressione di produrre un erede[4].
Imperatrice del Sacro Romano Impero
Quando Carlo, dopo la morte di suo fratello (l'imperatore Giuseppe I), nel 1711 si recò in Germania per cingere la corona imperiale come Carlo VI, lasciò Elisabetta Cristina in Spagna con il compito di Governatore generale della Catalogna[5]. Fino al 1713 governò con molta accortezza quella regione, poi raggiunse il marito a Vienna per adempiere ai suoi doveri di imperatrice.
Come imperatrice, Elisabetta Cristina era descritta come amante della musica, dotata di discrezione, modestia e diligenza, e si pensava che adempisse il suo ruolo di rappresentanza come imperatrice sia all'interno del protocollo di corte che durante i giorni di devozione religiosa di pietas austriaca[6]. Partecipava alle partite di tiro e alla caccia mentre lei e le sue dame di compagnia vestivano abiti da amazzone e giocavano anche a biliardo.
Carlo VI non le concesse alcuna influenza politica dopo il suo arrivo in Austria. Tuttavia fu descritta come intelligente e autosufficiente, e stabilì legami politici tra i ministri, specialmente con il conte di Stahremberg, e prese qualche iniziativa per impegnarsi in politica da sola. Negli anni '20 del XVIII secolo, sembrava aver avuto qualche influenza nel trattato con lo zar russo attraverso i suoi legami familiari nel nord della Germania, e si alleò con la fazione di corte che si opponeva al progetto di sposare le sue figlie con i membri della casa reale spagnola.
Il suo matrimonio fu dominato dalla pressione su di lei per dare alla luce un erede maschio. Sebbene la sua salute fosse devastata dalle diverse prescrizioni su come farle concepire un figlio, Carlo VI a quanto pare le era affezionato: continuava a riferirsi a lei con il suo soprannome White Liz, esprimeva sincera preoccupazione sulla sua salute e le lasciò una pensione nel suo testamento[7].
La sovrana era molto amata ed era considerata una delle donne più belle della sua epoca, soprattutto per l'incarnato candido (che sarà ereditato da una sua famosa nipote, Maria Antonietta).
La morte dell'unico figlio maschio provocò grande dolore all'imperatrice e aprì la questione del problema della successione imperiale, che nel 1740, dopo la morte di Carlo VI, portò alla guerra di successione austriaca. Infatti, ella non riuscì a dar vita ad altri maschi e questo colpo la rese depressa nei suoi ultimi anni. Il suo unico successo in tale ambito fu l'avvio dei negoziati che portarono alle nozze tra sua nipote Elisabetta Cristina con l'allora principe ereditario di Prussia Federico e quelle tra suo nipote Antonio Ulrico e la reggente russa Anna Leopol'dovna.
Ultimi anni e morte
L'imperatrice-vedova visse a Vienna fino alla fine dei suoi giorni, riuscendo a vedere la figlia Maria Teresa vittoriosa sui suoi nemici e stabile sul trono. Negli anni della sua maturità perse la sua prodigiosa bellezza a causa di una salute cagionevole e a problemi di idropisia che la portarono all'obesità.