L'EHF Champions League 2006-2007 è stata la 46ª edizione del massimo torneo europeo per club di pallamano, la 12ª con questa denominazione.
Formula
Turno di qualificazione: è stato disputato da 10 squadre che, dopo sorteggio, si affrontano in gare di andata e ritorno; chi vince passa alla fase a gironi.
Fase a gironi: sono stati disputati otto gironi da quattro squadre con gare di andata e ritorno. Le prime due di ogni girone si sono qualificate al main round.
Fase ad eliminazione diretta: le sedici squadre qualificate si affrontano dapprima in ottavi e quarti di finale, successivamente in semifinali e finale; tutti i turni consistono in gare di andata e ritorno.
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