Fa parte del comitato scientifico della Internationale Wittgenstein-Gesellschaft e dei «Wittgenstein-Studien» ed è esponente dell'Associazione Italiana Walter Benjamin.[4] Dal 2011 al 2015 è stata vicepresidente della Martin Heidegger-Gesellschaft e dal 2016 dirige la collana «Filosofia per il XXI secolo» per la casa editrice Mimesis.[2] Dal 2018 è membro del consiglio scientifico e strategico del CIR Onlus (Consiglio Italiano per i Rifugiati). Collabora con diversi giornali e riviste tra cui L'Espresso, il manifesto, La Stampa[5] ed il Fatto Quotidiano.[6]
Si è caratterizzata per i suoi lavori sulla Shoah e la sua denuncia dell'antisemitismo, in particolare di Heidegger nei Quaderni Neri ai quali ha dedicato due libri che hanno suscitato dibattito tra importanti filosofi.[7] Il suo libro Heidegger e gli ebrei: I quaderni neri è stato definito da Gianni Vattimo: " Il testo mai ancora scritto che, più che offrire strumenti per rileggere Heidegger, lo illumina come un vero e proprio documento d’epoca, in cui si riassume una parte decisiva della cultura del Novecento".[8] Dopo questi lavori, Donatella Di Cesare è stata minacciata e costretta a vivere sotto scorta per tre anni.[9][10][11]
Molto scalpore mediatico hanno suscitato i suoi interventi pubblici riguardo all'invasione russa dell'Ucraina del 2022.[13][14][15][16][17] Ha assunto una posizione pacifista, sostenendo la necessità di porre fine al supporto militare all'Ucraina.[18][19] Ha sottoscritto un appello contro la guerra con il fisico Carlo Rovelli ed il missionario Alex Zanotelli, documentando i rischi dell'olocausto nucleare e richiamando le forze politiche a un'azione diplomatica per evitare l'escalation militare.[20]
Ulteriore risonanza ha avuto il suo post su X da lei pubblicato il 5 marzo 2024 alla morte della brigatistaBarbara Balzerani: "La tua rivoluzione è stata anche la mia. Le vie diverse non cancellano le idee. Con malinconia un addio alla compagna Luna. #barbarabalzerani"[22][23]. In seguito al post, la rettrice dell'Università "La Sapienza", Antonella Polimeni, si è subito dissociata dalle dichiarazioni della docente del suo ateneo, esprimendo "sconcerto", condannando "ogni forma di violenza" e prendendo "le distanze da qualsiasi dichiarazione di condivisione o vicinanza a idee, fatti e persone che non rispettano o hanno rispettato le leggi della Repubblica e i principi democratici espressi dalla Costituzione"[24][25].
