La diocesi fu eretta poco dopo la metà del VI secolo da san Brendano. Come tutte le diocesi irlandesi del tempo, anche la diocesi di Clonfert aveva una giurisdizione tribale, precisamente sul clan degli Hy Many, e una struttura monastica: a capo vi era un abate, che dirigeva anche la scuola monastica, ma che non sempre era consacrato vescovo.
Tra i principali vescovi di questo periodo emerge la figura di Comin Foda (†662) che ebbe una parte importante nella controversia che agitò la chiesa irlandese nel VII secolo circa la fissazione della data della Pasqua. Scrisse un trattato De controversia paschali[1] e nel 632 circa operò per la convocazione di un sinodo a Magh-Lene dove fu deciso di celebrare la Pasqua come nel resto della Chiesa occidentale.
La diocesi prosperò grazie alle ricche donazioni dei membri del clan degli Hy Many, a tal punto che nel 1392 il vescovo doveva alla Curia romana la somma di 300 fiorini d'oro, mentre il suo metropolita a Tuam doveva pagare a Roma solo 200 fiorini.
Nell'ultimo terzo del XIII secolo la diocesi fu retta da un vescovo italiano, Giovanni, per circa trent'anni. Fu uno dei pochissimi prelati italiani mai nominati per una sede irlandese ed ebbe anche il compito di nunzio apostolico e l'incarico di riscuotere le tasse per le Crociate. Secondo la tradizione al suo gusto si deve la decorazione dell'antica cattedrale romanica di Clonfert, che passò ai protestanti durante il regno di Elisabetta I d'Inghilterra. Fino ad allora la riforma voluta da Enrico VIII d'Inghilterra nel 1534 non aveva impedito al vescovo cattolico Roland de Burgo, che aveva forti relazioni politiche, di mantenere la sua sede con tutte le sue rendite fino alla morte, avvenuta nel 1580. Successivamente però la diocesi di Clonfert subì un periodo di persecuzione, che ebbe fra le conseguenze lunghi periodi di sede vacante in tutto il XVII secolo, fino all'inizio del XVIII.
Nel 1704 la diocesi contava 41 parrocchie, ma nel XVIII secolo furono riorganizzate, fino ad avere 24 parrocchie nel 1800: da allora le variazioni sono state minime e il numero di 24 parrocchie si è conservato fino ad oggi.
Fu il vescovo John Derry ad erigere il seminario diocesano di Loughrea. Nel 1897 il vescovo John Healy pose la prima pietra della nuova cattedrale di Loughrea. Successivamente il seminario cambiò sede più volte: fu trasferito a Cartron, poi ad Esker e dal 1924 è a Garbally Park.
(EN) Henry Cotton, The Succession of the Prelates and Members of the Cathedral Bodies of Ireland. Fasti ecclesiae Hiberniae, Vol. 4, The Province of Connaught, Dublin, Hodges and Smith 1850, pp. 158–166
(FR) F. O'Brien, v. Clonfert, «Dictionnaire d'Histoire et de Géographie ecclésiastiques», vol. XIII, Paris, 1956, coll. 7-10