La Coppa delle Coppe d'Africa 2003 è stata la 29ª ed ultima edizione della competizione. La stagione è iniziata il 16 febbraio 2003 ed è finita il 7 dicembre 2003.
I tunisini dell'Étoile du Sahel hanno trionfato per la seconda volta.
Turno preliminare
Primo turno
Secondo turno
Quarti di finale
Semifinali
Finale
L'andata della finale si è disputata il 15 novembre 2003, il ritorno il 7 dicembre.