Nasce nel 1928, dopo che la sezione calcistica del club di boxe si era messa in luce l'anno prima nel corso di alcune amichevoli con squadre di prestigio, tramite la fusione di quella sezione con i club calcistici della città[1].
Negli anni Quaranta partecipa a quattro campionati di prima divisione, non consecutivi, l'ultimo dei quali nel 1950/51.
Dal 2004 in poi gioca stabilmente nella terza serie, salvo un campionato in seconda divisione nel 2011/2012, concluso con la retrocessione. Nel 2019 retrocede in quarta serie, ma nel 2019/2020 è subito promosso di nuovo in Segunda División B.
Nel gennaio 2021, dopo aver superato nel turno precedente lo Huesca, squadra di Primera División[2], l'Alcoyano è riuscito nell'impresa di eliminare il Real Madrid ai sedicesimi di finale della Coppa del Re, imponendosi sui blancos in casa per 2-1 ai tempi supplementari, dopo essere passato in svantaggio al quarantesimo[3].
^abcdefgCampionato diviso in gironi: le squadre meglio posizionate concludono con un girone di play-off. La vincitrice di questo è campione della Segunda División.
^Dal 1951 al 1968 i vincitori dei propri gironi vengono considerati campioni di categoria e non partecipano ai playoff con le altre squadre di Segunda División. Il primo nominato è il vincitore del girone A, il secondo del girone B.
^Non ottiene la promozione in quanto squadra B del Real Madrid.
^Vincitori dei gironi delle qualificate alla fase valida per la promozione.
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