Nato e cresciuto nel New Jersey,[1][2][3] si trasferisce in Australia una volta terminati gli studi universitari, lavorando come assistente scolastico a Perth.[4][5] Tornato negli Stati Uniti nove mesi dopo, lavora in un'agenzia investigativa ed è in procinto di entrare nel NYPD quando Bryan Singer, suo amico d'infanzia e compagno di college, gli offre di scrivere la sceneggiatura di quello che sarebbe diventato il suo primo film, Public Access, presentato al Sundance Film Festival del 1993.[6][7]
Nonostante l'Oscar gli porti notorietà ad Hollywood, McQuarrie realizza presto che non verrà mai preso sul serio dai produttori finché non porterà loro un successo commerciale.[14][15] Nel 2000 infatti scrive e dirige per la 20th Century Fox il poliziesco Le vie della violenza, che però viene accolto freddamente dai critici e risulta un flop di incassi.[16][17] McQuarrie stesso si lamenterà della sua esperienza, dichiarando: "mi offrii di dirigere qualsiasi cosa volessero per qualsiasi budget volessero, a patto di avere il completo controllo creativo, e mi risposero di andare a farmi fottere. Niente budget, niente controllo, niente di niente. Alla fine mi presero, ma non accettarono alcun suggerimento da parte mia. Volevano solo avermi".[15] Sempre nel 2000, collabora alla sceneggiatura di X-Men di Singer, pur non venendo accreditato.[18]
Torna a lavorare otto anni più tardi, collaborando nuovamente con Singer nel thriller Operazione Valchiria, ispirato al fallito attentato ad Adolf Hitler di Claus Schenk von Stauffenberg, interpretato nel film da Tom Cruise.[19] Il film risulta uno dei maggiori successi dell'anno, incassando oltre 200 milioni di dollari globalmente e ottenendo recensioni positive.[20] Nel 2010 crea la serie televisiva Persone sconosciute, di cui scrive l'episodio pilota, e scrive la sceneggiatura del thriller The Tourist, accolto tiepidamente dalla critica ma foriero di oltre 280 milioni di dollari d'incasso.[21]
Nel 2012 torna dietro la macchina da presa con Jack Reacher - La prova decisiva, adattamento dell'omonimo romanzo di Lee Child.[22] Il film, nuovamente con Cruise protagonista, viene ben accolto dal pubblico.[23] L'anno seguente collabora un'ultima volta con Singer nella sceneggiatura del fantasy Il cacciatore di giganti, che si rivela invece un pesante flop di critica e incassi.[24][25] Nel 2014 co-sceneggia il fantascientifico-d'azione Edge of Tomorrow - Senza domani, adattamento cinematografico della light novel giapponese All You Need Is Kill. Terza collaborazione con Cruise, il film, dopo una partenza in sordina al botteghino, riesce a incassare oltre 370 milioni di dollari in tutto il mondo grazie a critiche positive e all'ottimo passaparola del pubblico.[26] Per la sceneggiatura di Edge of Tomorrow, McQuarrie viene candidato a un Saturn Award e un premio Hugo.[27]
^Fonti differenti o a volte, come nel caso dell'All Movie Guide, la medesima fonte, sono indecise se collocare la nascita di McQuarrie a Princeton o nella vicina Princeton Junction. Da notare come Princeton Junction non abbia un ospedale. Seguono le fonti:
^(EN) Shannon Harvey, Reaching for the Stars, in The West Australian, 3 gennaio 2013, p. 52. URL consultato il 14 luglio 2015 (archiviato dall'url originale il 14 luglio 2015).