Il 1º marzo 1793 sconfisse i francesi ad Aldenhoven, li costrinse a togliere l'assedio alla città di Maastricht ed il suo intervento fu decisivo nella battaglia di Neerwinden. Nel 1794 respinse nelle Fiandre molti attacchi nemici ma fu sconfitto dal generale Pichegru a Kassel, Menen e Kortrijk e non riuscì più a fermare il nemico dopo la battaglia di Fleurus, persa dal principe di Coburgo. Chiamato a sostituire il Coburgo, condusse le truppe austriache ordinatamente oltre il Reno. Nel 1795 ricevette come Feldmaresciallo il comando supremo delle armate austriache del medio e basso Reno. Quando nell'autunno i generali francesi Jourdan e Pichegru, rispettivamente presso Düsseldorf e Mannheim, oltrepassarono il Reno, Clerfait si gettò ad est e li batté il 10 ottobre presso Höchst am Main respingendoli indietro oltre il Reno.
Si precipitò quindi verso Magonza, nella quale erano asserragliati 70.000 francesi e le cui fortificazioni erano ritenute inespugnabili, la conquistò, e respinse il nemico verso Bingen e attraverso Oppenheim fino a Alzey. Non equipaggiato per una campagna invernale, concluse un armistizio il 21 dicembre e rientrò in Vienna a gennaio del 1796. Sulla via del ritorno si acquartierò a Francoforte sul Meno. La città, grata poiché la vittoria di Clerfait sui francesi a Höchst am Main aveva loro risparmiato l'occupazione francese, gli conferì la cittadinanza onoraria. A causa di dissidi con il ministro barone di Thugut per l'armistizio con i francesi ed i rimproveri per aver preso le iniziative troppo lentamente, rinunciò al rinnovo del comando supremo ed entrò nel consiglio aulico di guerra. Morì poco dopo stimato da tutti.
^Esempio: Christophe Koch, Histoire abrégée des traités de paix, entre les puissances de l'Europe depuis la paix de Westphalie, tomo IV, CHAPITRE LXX, Paris, 1817.