Niese nacque a Fehmarn, allora parte della Confederazione germanica, ma governato dal re Federico VII di Danimarca. Suo padre era Emil August Niese, parroco della città, e sua madre Benedicte Marie Matthiessen.
Nel 1881 sposò Bertha Zimmerman (1859-1937). Il loro figlio Hans nacque nel 1882. Divenne anche lui docente di storia presso l'Università di Gottinga, morì nel 1915 durante la prima guerra mondiale. La loro figlia Annemarie nacque nel 1890 e morì nel 1975.
Niese fu conosciuto per editio maior dell'opere sullo storico ebreo Giuseppe Flavio (Weidmann, Berlino, 1885-1895). Il suo sistema di numerazione è ancora il più usato. Tra gli altri suoi lavori comprendono Grundriß der römischen Geschichte, (1889–1905), Studien insbesondere über klassische griechische Autoren e Die Entwicklung der homerischen Poesie, 1882. Geschichte der griechischen und makedonischen Staaten seit der Schlacht bei Chaeronea che fu pubblicata tra il 1893 e il 1899.
La sorella di Niese era la scrittrice Charlotte Niese.
Opere
De Stephani Byzantii auctoribus. Commentatio prima, etc. (Kiel, 1873.)
Der homerische Schiffskatalog als historische Quelle betrachtet. (Kiel, 1873.)
Die Entwickelung der Homerischen Poesie (Berlino, 1882)
Flavii Josephi opera (7 volumi, Weidmann, Berlino 1885–1895).
De Annalibus Romanis observationes. (Marburgo, 1886)
Geschichte der griechischen und makedonischen Staaten seit der Schlacht bei Chaeronea (pubblicato in 3 parti, 1893-1903.)
Grundriss der römischen Geschichte (1889–1905)
Kritik der beiden Makkabäerbücher, nebst Beiträgen zur Geschichte der makkabäischen Erhebung (Berlino, 1900)
Staat und Gesellschaft der Römer
Zur Geschichte Solons und seiner Zeit
Bibliografia
Neue Deutsche Biographie, 1998.
Deutsche Biographische Encyclopädia, Munich, 1998.