Il testo descrive l'arrivo di Pietro e Paolo a Roma. L'empio Simon Mago sobilla Nerone contro i due apostoli. Ne deriva una lunga disputa tra i tre di fronte all'imperatore. Simon Mago promette all'imperatore di ascendere al cielo sotto i suoi occhi. Quando vola Nerone si convince della sincerità di Simone, ma Pietro prega e Simone cade morto.
Nerone imprigiona Pietro e Paolo e li condanna a morte. Paolo è decapitato lungo la via Ostiense, e prima di morire guarisce l'occhio di una donna di nome Perpetua. Pietro sta per essere crocifisso ma dice "Non son degno di essere crocifisso come il mio Signore", e viene crocifisso a testa in giù.
Dato l'avanzato periodo di composizione e lo stile eccessivamente favolistico l'apocrifo non può essere considerato un fedele resoconto storico, sebbene non si possa escludere una ripresa di precedenti tradizioni orali.