En raison du développement du libéralisme théologique dans certains séminaires affiliés, comme le Crozer Theological Seminary, des séminaires conservateurs ont été fondés par des pasteurs de la convention, notamment le Séminaire théologique baptiste du Nord à Chicago en 1913 et le Séminaire théologique baptiste de l'Est à Philadelphie en 1925[8],[9].
En 1950, elle est renommée American Baptist Convention et American Baptist Churches USA en 1972[10]. Selon un recensement de l’association, en 2023 elle disait avoir 4,973 églises et 1,211,744 membres[11].
Depuis 1995, des conventions régionales de la Convention ont procédé à des excommunications de diverses églises qui sont devenues membres de l’Association of Welcoming and Affirming Baptists fondée en 1993, une association favorable à l’inclusion des personnes LGBTQ, une croyance contraire à une résolution adoptée par la Convention [15],[16].
En 2006, les Églises baptistes américaines du sud-ouest du Pacifique, ont quitté la convention en raison du laxisme de cette dernière avec les églises sur l’application d’une résolution de 1992 qui s’oppose à l’inclusion des personnes LGBTQ et ont été renommées Transformation Ministries[17]. La convention a répondu qu’elle tenait à respecter l’autonomie des églises locales et qu’elle ne voulait pas procéder à des excommunications.