Il joue 77 parties lors de sa première année, réussissant 42 coups sûrs, dont cinq coups de circuit, et produisant 18 points.
En 2007, il frappe 4 circuits et produit 21 points en 71 rencontres avec les Cubs, élevant sa moyenne au bâton de ,247 à ,264.
Mets de New York
Saison 2008
Le 5 janvier2008, les Cubs retournent Ángel Pagán à sa franchise d'origine, les Mets de New York, à qui il est échangé en retour de deux joueurs des ligues mineures (Corey Coles et Ryan Meyers)[2]. Employé comme réserviste dans 31 parties à sa première saison à New York, il maintient une moyenne au bâton de ,275.
Saison 2009
En 2009, la présence de nombreux joueurs blessés chez les Mets donne à Pagan l'occasion de jouer plus souvent. Il apparaît dans 88 rencontres, un sommet depuis son entrée dans les majeures, et répond à l'appel avec une moyenne au bâton de ,306. Il cogne 6 coups de circuits et produit 32 points. Il réussit de plus des records personnels de 105 coups sûrs et 14 buts volés.
Saison 2010
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Saison 2011
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Pagán aide les Giants à remporter la Série mondiale 2012. En saison régulière, il dispute 154 des 162 matchs de l'équipe et frappe pour ,288 avec une moyenne de présence sur les buts de ,338. Il est installé début août au premier rang de l'alignement des frappeurs du club[4]. Pagan mène le baseball majeur en 2012 avec 15 triples, il réussit un sommet personnel de 38 doubles et vole 29 buts en 36 tentatives. Il termine la saison avec ses plus grands nombres de coups sûrs (174) et de points marqués (95) en une année et il produit 56 points. Ses 15 triples sont un nouveau record de la franchise des Giants depuis leur déménagement de New York à San Francisco en 1958; il bat le record de 12 par Willie Mays en 1960. Ce dernier détient toujours le record de franchise pour ses 20 triples avec les Giants de New York en 1957[5].
Jouant pour la première fois en séries éliminatoires, il ne frappe que pour ,188 mais réussit deux circuits, lui qui n'en avait réussi que huit en saison régulière, et il produit six points en 16 matchs.
Agent libre après un an à San Francisco, Pagán signe en un nouveau pacte de 40 millions de dollars pour 4 ans[6].
Il amorce la saison 2013 avec 49 coups sûrs, 10 doubles, 3 circuits, 24 points produits, 30 points marqués, 6 buts volés et une moyenne au bâton de ,262 en 46 parties jouées[8]. Le à San Francisco, il permet aux Giants de triompher 6-5 des Rockies du Colorado avec un circuit de deux points à l'intérieur du terrain en fin de 10emanche. C'est la première fois qu'un joueur de San Francisco donne la victoire à son équipe avec un circuit intérieur pour finir un match, et le premier de la franchise depuis Bill Terry des Giants de New York le contre les Cubs de Chicago[9]. Cependant, Pagán dit s'être blessé aux muscles ischio-jambiers gauches sur un autre jeu dans cette même rencontre, et il est forcé à l'inactivité[8]. Un mois plus tard, alors qu'il tente de retrouver la forme avec un club-école des ligues mineures, il aggrave sa blessure et il doit se soumettre à une chirurgie qui devrait le garder hors du jeu pour une douzaine de semaines[7]. Il ne joue pas du au [10] et ne dispute au total que 71 matchs en 2013. Il maintient une moyenne au bâton de ,282 avec 5 circuits, 30 points produits, 44 points marqués et 9 buts volés.
Saison 2014
La saison 2014 de Pagán se termine le [11] lorsqu'il doit se soumettre à une opération pour soigner une hernie discale[12]. Des douleurs au dos lui avaient déjà fait manquer 44 matchs en juin, juillet et août[13]. En 96 matchs en 2014, il maintient une moyenne au bâton de ,300 et une moyenne de présence sur les buts de ,342 avec 21 doubles, 6 circuits, 16 buts volés, 56 points marqués et 27 points produits.
Vie personnelle
Le 7 mai2009, Pagán est arrêté pour excès de vitesse sur l'Interstate 95 en Floride et détenu à la prison du Comté de Martin. Les policiers remarquent que Pagán conduit son véhicule avec un permis suspendu depuis une amende reçue à Port St. Lucie et demeurée impayée depuis 2005[14].
Angel Pagan et son épouse Windy ont deux filles, Briana et Suil[15].