Lors de la Coupe du monde de football de 2014, Nishimura est au centre d'une vive polémique sur l'arbitrage et vertement critiqué pour ses décisions contestables qui ont influencé le score final lors du match d'ouverture Brésil-Croatie le . Lors de la première mi-temps, Neymar inflige un violent coup de coude volontaire sur la mâchoire de Luka Modric, Nishimura ne lui attribue qu'un carton jaune, Neymar inscrira un doublé après cet évènement. En deuxième mi-temps, alors que le score est de 1-1, il accorde un pénalty controversé au Brésil pour une faute peu évidente de Lovren sur Fred qui permettra au Brésil de prendre les devants. L'Équipe qualifie le pénalty d'imaginaire. Quelques minutes plus tard, il refuse le but égalisateur de la Croatie pour une faute considérée peu évidente voire inexistante d'Olic sur le gardien Julio Cesar. Une décision tout aussi critiquée par les observateurs. Troisième controverse, le but du triplé par Oscar est entaché d'une faute de Ramires sur Rakitić selon les observateurs. Niko Kovač, sélectionneur de la Croatie, aura des propos très durs à son encontre.