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Le club fait partie des huit équipes fondatrices de la South Sudan National Women’s League en 2021[2]. Les Yei Joint Stars remporte la première édition du championnat, ce qui les qualifie pour la première édition de la Ligue des champions africaine[3]. Pour leur premier match, les Sud-Soudanaises s'imposent 2-1 face à New Generation de Zanzibar[4] mais ne se qualifie pas pour la phase continentale.
La même année, les Yei Joint Stars étrillent les City Stars (6-0) en finale de la première édition de la coupe locale de Yei pour s'adjuger le titre[5]. Elles conservent ensuite leur titre en coupe du Soudan du Sud[6].
En 2022, malgré une large victoire (6-0) face au GRFC de Djibouti[7], Yei est à nouveau éliminé dès la phase de groupes du tournoi du CECAFA.
