Nieves ne joue que 35 parties pour les Yankees entre 2005 et 2007.
Nationals de Washington
Avant la saison 2008, il signe comme agent libre un contrat avec les Nationals de Washington. Il frappe dans une moyenne au bâton de ,261 en 68 parties pour Washington en 2008, faisant marquer 20 points. En 2009, sa moyenne est de ,259 et il établit des sommets personnels de coups sûrs (58) et de points produits (26), le tout en 72 parties jouées. Appelé dans 53 matchs en 2010, sa moyenne au bâton n'est que de ,203 malgré 3 circuits, plus qu'il n'en frappe dans n'importe quelle autre saison.
Il dispute 16 parties avec Arizona pour compléter 2012 avec un circuit, six points produits et une moyenne au bâton de ,303 pour ces deux clubs, puis est de retour avec les Diamondbacks en 2013[6]. En 2013, il frappe pour ,297 en 71 matchs des D-Backs, avec un circuit et 22 points produits. Il égale son sommet personnel de coups sûrs en une saison avec 58, le même total qu'en 2009 pour Washington, et il réussit un nouveau record personnel de 11 doubles en une année.
Phillies de Philadelphie
En , Nieves rejoint les Phillies de Philadelphie[7]. Il maintient une moyenne au bâton de ,254 avec un circuit en 36 parties des Phillies en 2014.
Padres de San Diego
Avant la saison 2015, il signe un contrat des ligues mineures avec sa première équipe, les Padres de San Diego[8]. Il redevient agent libre le après seulement 6 matchs joués pour San Diego.