En , il est nommé président de la Fédération biblique catholique internationale. De 2004 à 2009 il préside la commission Œcuménisme et dialogue de la Conférence épiscopale italienne et de 2009 à 2012 il est président de la conférence des évêques d'Ombrie.
Le , le pape François publie le motu proprio Sedula Mater qui entraine la suppression du conseil pontifical pour la famille, mettant ainsi fin aux fonctions de Mgr Paglia. Le même jour est publié un chirographe du pape, annonçant sa nomination comme Grand chancelier de l’Institut pontifical Jean-Paul II, et président de l'Académie pontificale pour la vie[2].
Engagements et prises de positions
Avec Sant'Egidio
Il participe activement à l'association Hommes et religions de la Communauté de Sant'Egidio qui organise des rencontres œcuméniques et inter-religieuses. Il joue un rôle déterminant dans la rencontre inter-religieuse internationale de Bucarest qui a permis le voyage, en 1999, de Jean-Paul II en Roumanie, premier pays orthodoxe à recevoir la visite d'un pape depuis le schisme de 1054. Il œuvre également pour permettre la visite de S.B. Théoctiste, patriarche orthodoxe de Roumanie à Rome en 2002.
Il a également pesé en faveur de l'attribution d'un doctorat Honoris causa au métropoliteCyrille, alors chargé des affaires extérieures de l'église orthodoxe russe.
Vincenzo Paglia est le premier prêtre à être autorisé à entrer en Albanie avant même les élections libres de 1991. Il est ensuite membre de la délégation pontificale pour la première visite pastorale dans le pays ou cours de laquelle est obtenue la réouverture du séminaire, la restitution de la cathédrale et qui ouvre la voie aux relations diplomatiques entre l'Albanie et le Saint-Siège.
Distinctions et récompenses
Mgr Paglia a reçu plusieurs distinctions pour son engagement en faveur la paix dont notamment: