Les Veiðivötn se trouvent dans le sud de l'Islande, entre le Vatnajökull au nord-est et le Landmannalaugar au sud-est, dans la municipalité de Rangárþing ytra. Ils s'étirent sur plusieurs kilomètres de longueur dans le fond d'une vallée peu marquée délimitée par deux alignements parallèles de collines. Au nombre d'une cinquantaine, certains d'entre eux alimentent la Vatnakvísl, la petite rivière drainant le fond de cette vallée et affluent du Tungnaá s'écoulant au sud.
La région où se trouvent les Veiðivötn constitue l'une des branches du rift qui traverse l'Islande. Elle est matérialisée par de grandes failles et fissures volcaniques qui s'étirent parallèlement entre les calottes glaciaires du Vatnajökull au nord-est et du Mýrdalsjökull au sud-ouest. C'est au cours d'une éruption volcanique de ce système volcanique rattaché au Bárðarbunga et survenue en 1477 que les cratères désormais occupés par les lacs ont été créés[1].
Le secteur est accessible depuis les pistes F228 et F229 en empruntant la route F26.