En , Bluegill fit des reconnaissances en faveur de la libération américaine des Philippines. Le , il mène une opération de reconnaissance et de bombardement sur l'île de Pratas. Douze hommes sont débarqués et découvrent l'île déserte, récemment évacuée par la garnison navale japonaise. Lors d’une cérémonie s’étant déroulée le , le Bluegill hissa le drapeau américain sur l’île en la renommant ironiquement « île Bluegill ».
Le Bluegill atteint Pearl Harbor le en provenance de sa dernière patrouille de guerre. Il continua à servir dans la flotte du Pacifique jusqu'au , date à laquelle il fut retiré du service et placé en réserve au Mare Island Naval Shipyard.
Le Bluegill est remis en service le et rejoint la flotte du Pacifique pour des entraînements. Le , il est mis hors service dans une réserve et redéfinit en tant que sous-marin de lutte ASM (Hunter-Killer/ASW Submarine) de désignation SSK-242), et est remis en service le .
Le Bluegill reprend son service de guerre lors de la guerre du Vietnam. En 1965, il opère pendant une longue durée dans le golfe du Tonkin, effectuant des opérations de reconnaissance et de sauvetage des pilotes tombés en mer.
Retiré une nouvelle fois du service et rayé du Naval Vessel Register le , il est sabordé en 1971 et amarré au fond de l'eau à 40 mètres de profondeur en tant qu’entraîneur de sauvetage, à environ deux kilomètres de Lahaina. Pendant les treize années suivantes, sa coque est utilisée pour l’entraînement au sauvetage sous-marin.
En , après un mois de travaux préparatoires, sa coque est renflouée par les navires de sauvetage USS Beaufort et USS Brunswick, remorquée au large et coulée en eaux profondes avec les honneurs militaires[1].