Tony Allen a été l'un des pionniers de l'afrobeat avec son maître et ami Fela Anikulapo-Kuti, dont il était le batteur et directeur artistique de 1968 à 1979. Fela a déclaré que « sans Tony Allen, il n'y aurait pas d'afrobeat »[2]. Il est aussi décrit par Brian Eno comme « peut-être le plus grand batteur qui ait jamais vécu »[3].
Vers le milieu des années 1960, les deux compères effectuent une tournée aux États-Unis. Le pays est bouleversé par le mouvement de revendications des Afro-américains. Martin Luther King, Malcolm X, le Black Panther Party… Les jeunes musiciens nigérians y font leur apprentissage politique, en grande partie grâce à leurs « sœurs ». De cette prise de conscience naîtra un des courants fondamentaux de la musique africaine du XXe siècle : l'afrobeat. Un groove et des textes engagés, un mélange entre rythmes traditionnels et puissance électrique, une recette infaillible dont le creuset est le Nigeria.
Mais très vite des dissensions apparaissent entre Tony et Fela, qui se radicalise politiquement et devient le champion du panafricanisme, le pourfendeur de la corruption et de l'exploitation du continent noir par les multinationales.
Tony Allen préfère partir vers des champs musicaux plus expérimentaux. C'est ainsi qu'il se retrouve sur le label Comet Record, fondé par deux jeunes Français proches de l'electro, et qu'on verra à ses côtés des musiciens tels que Doctor L[4], les frères Stéphane et Lionel Belmondo ou Ali Boulo Santo.
En 2004, il enregistre la batterie sur la plupart des titres de l'album Politics de Sébastien Tellier. Titre phare de l'album, La Ritournelle remporte un franc succès et apporte à Tellier une relative notoriété.
En 2005, il revient aux sources avec un album très rootsLagos No Shaking (Lagos ne tremble pas), enregistré sur place au Nigeria sur le label Honest John Records. Cette maison de disques vient d'être créée par un amateur de musique africaine, par ailleurs célèbre musicien pop anglais : Damon Albarn, leader de Blur et de Gorillaz.
En 2009, Tony Allen enregistre avec Jimi Tenor l'album Inspiration Information, vol. 4[5],[6].
En 2010, Tony Allen participe au titre They Don't Know sur l'album Confessions d'un enfant du siècle, vol 3 de Rockin' Squat.
En 2012, Tony Allen sort avec Damon Albarn et Flea sous le nom du supergroupe Rocket Juice and The Moon un album du même nom aux sonorités funk et afrobeat. Le projet est annoncé dès 2008, mais chacun des membres est occupé sur d'autres projets. Damon Albarn annonce officiellement le projet le . Le groupe joue pour la première fois sur scène le au Cork Jazz Festival à Cork en Irlande.
Vivant en France à Courbevoie, il meurt le , à 79 ans, dans un hôpital parisien[7].
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