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Terra Nostra est un roman à la croisée de l'histoire, de la mythologie, de la philosophie et du fantastique. Il explore les racines de la « découverte » du Nouveau Monde par un empire espagnol sur le déclin.
Le roman commence et se termine à Paris, à la veille de l'an 2000, alors que le monde fait face à un problème de surpopulation auquel une solution radicale est opposée. Mais la quasi-totalité du roman peut être située à l'articulation entre le Moyen Âge et la Renaissance, période durant laquelle l'Espagne se découvre de nouveaux territoires au-delà de l'Océan, période où l'Espagne à la triple identité (catholique, juive, musulmane) se désagrège.
Le personnage central du roman est le « seigneur » castillan Philippe, forme royale inspirée de Charles Quint, de Philippe II et de Charles II : ayant réussi à gagner le respect de son père en lui livrant les rebelles, il plonge peu à peu dans un doute immense quant à son pouvoir, ses croyances, sa vie et la place de sa dynastie jusqu'à souhaiter être le point final de celle-ci.
Il consacre les dernières années de sa vie à la construction d'un mausolée pour l'ensemble de ses ancêtres, mausolée duquel il ne souhaite plus sortir. Cette construction rappelle celle de l'Escurial, complexe monumental situé à côté de la montagne Abantos dans la sierra de Guadarrama, commandé par Philippe II.
Une multitude de personnages gravitent autour du Seigneur, dont :
sa mère, inspirée de Jeanne la Folle, sans bras ni jambes, et ne pouvant quitter le cadavre de son mari;
sa femme Isabel intouchée par son mari;
trois frères marqués d'une croix de chair rouge entre les omoplates et de 6 orteils à chaque pieds, et dont l'apparition était annoncée quinze siècle plus tôt par le conseiller de Tibère;
un moine, un étudiant, un paysan, une jeune fille que le Seigneur a accompagné puis trahit dans leurs rêves...
Un thème central du roman est le rapport de l'ancien monde au nouveau monde et la façon dont l'Espagne éternelle a abordé la nouvelle Espagne.