Le Terceiro Comando a combattu lors de plusieurs conflits à petite échelle (en 2001 et 2004) avec le gang rival Comando Vermelho.
L'organisation n'a pas de chef unique et est plutôt un réseau horizontal basé sur la réciprocité qui aide les membres de gangs dans différentes favelas, alors qu'ils tentent d'acquérir de la drogue et des armes à feu.