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En , il fait l'objet d'une enquête à la suite d'une manipulation boursière qui impliquerait l'entreprise qu'il a fondé, Livedoor. Cette enquête a incité plusieurs petits actionnaires de Livedoor à vendre le titre immédiatement, ce qui a causé une panne importante de la bourse de Tokyo[1]. Il est incarcéré le et, le lendemain, annonce sa démission de PDG de Livedoor. En , il est libéré sous caution.
Son procès débute le devant le tribunal de Tokyo. Dès la première journée, Horie clame son innocence : « Je n'ai jamais commis de tels actes et ne les ai pas non plus ordonnés. Je déplore ma mise en accusation ». Vingt-six audiences sont prévues sur une période de trois mois, jusqu'au . Le verdict est attendu en . Horie risque cinq ans de prison et une amende de cinq millions de yens (35 000 euros). Le , il décrit au Financial Times le Japon, les bureaucrates, et les médias « contrôleur de la pensée » d'avoir provoqué sa chute[2]. En , il est reconnu coupable et est condamné à deux ans et demi de prison[3]. Il sort de prison en , après avoir passé 21 mois derrière les barreaux[4].
En 2003, il fonde Interstellar Technology(en), une société voulant envoyer un mini-lanceur dans l’espace. Celle-ci, qui n’a désormais plus de lien avec son fondateur, a réussi son premier lancement au dessus de la ligne de Kármán le [5].