Après une saison chez Amica Chips, il rejoint plusieurs de ses anciens coéquipiers de MG Maglificio chez Alessio, où il effectue quatre saisons.
En avril 2004, ayant rejoint la Saeco, Stefano Casagranda est convoqué devant le tribunal de Bassano del Grappa pour recel d'EPO dans le cadre de l'affaire dite du « blitz » su Tour d'Italie 2001. Cette convocation, révélée entre autres par le journal Le Monde pendant le Tour de France[1] entraîne son exclusion de l'épreuve à la demande des organisateurs[2].
En fin de saison, Saeco fusionne avec la Lampre en vue d'une intégration au ProTour. Stefano Casagranda n'est pas intégré à l'équipe et ne trouvera plus d'employeur.