Stéphane Boutel entame sa carrière par des participations aux albums collectifs La Cour des Grands[1]. Pour la collection « Histoires des Villes » (Éditions Le Téméraire), il réalise ses premiers travaux en solo avec Versailles de Louis XIII à nos jours , publié en 1996 sur un scénario d'Olivier Gilleron. Il prend la suite de Jean-Marc et Éric Stalner pour dessiner trois volumes de la série Le Boche entre 2000 et 2002, sur un scénario de Daniel Bardet[1]. Sur un scénario de Thierry Mattera, Boutel dessine les deux volumes de Destins croisés (2004-2006), série prévue à l'origine en quatre albums[2]. L'accueil critique est froid sur BD Gest[3], Actua BD[4] et Planète BD[5].
En 2010, de nouveau avec Mattera, Boutel réalise une commande publicitaire pour le Crédit Agricole : Les Charentais et la mer[6].
Boutel participe à la série de bande dessinée historique sur Rouen (Éditions Petit à Petit) pour les volumes deux (2016), trois (2017) et quatre (2018). Il participe en parallèle à une série collective sur Le Havre (2017, Éditions Petit à Petit).