La Schwarza prend sa source à 710 mètres d'altitude, dans le massif montagneux et forestier de la Forêt de Thuringe près de la municipalité de Scheibe-Alsbach.
La rivière s'écoule vers la ville de Schwarzbourg.
Après un parcours de 53 kilomètres, la Schwarza se jette dans la rivière Saale à la hauteur de la ville de Rudolstadt.
La vallée de la rivière Schwarza est connue depuis le Moyen Âge pour ses dépôts d'alluvions de minerais, notamment l'or.