Issu d'un père qui a fait des études de droit en France avant de repartir au Cameroun où il est devenu avocat à Yaoundé et d'une mère vivant en France il nait à Bordeaux en 1969.
Dans le club parisien, il démontre les qualités de son jeu de tête et une combativité de tous les instants. Son association avec Steve Marlet fait merveille et il finit meilleur buteur du club en 1995 avec 14 buts.
Après 4 saisons et 26 buts au Red Star, il s'engage en 1997 avec le SM Caen, tout juste relégué de Division 1 et avec ambition de remonter cette même année.
L'ambition Normande
Avec une équipe de grande qualité (Rothen, Borrelli, Née, Sommeil, Guerreiro...), le club échoue après avoir flirté avec la relégation. Boutal est plus utilisé comme milieu offensif et ne marque que 3 buts.
La saison suivant est plus aboutie pour lui, il est le meilleur buteur du club avec 16 buts à son compteur en championnat mais le club normand fini 5e et échoue à nouveau dans la course à la montée.
La saison suivante, il marque 7 buts et joue 25 matchs. Troyes finit 7e et gagne le droit de participer à la coupe Intertoto pour la saison 2001-2002. Ils gagnent cette compétition (éliminant Newcastle United en finale) et jouent la coupe de l'UEFA (élimination au 2e tour par Leeds United). Cette année-là, le club réédite la performance de l'année précédente et finit à nouveau 7e. Boutal jouait plus milieu offensif cette année-là, mais marque moins (2 buts).
Samuel Boutal arrive au Stade de Reims avec la mission d'encadrer et d'apporter son expérience aux jeunes Noël Moukila et Amara Diané. Il joue 35 matchs, marque 6 buts et finit champion de National. Cette première année est un succès.
Lors de la saison 2004-2005, il joue 27 matchs pour 2 but et finit 16e avec son club.
Fin de carrière à Tours
En 2005, il s'engage à Tours FC, obtenant la montée en Ligue 2 dès la 1re année. Mais il joue peu, (20 matchs en 2 saisons) et se retrouve sans club à compter de l'été 2007.