SUPERFAMILY est une base de donnéesbioinformatique pour les propriétés structurelles et fonctionnelles pour les protéines et les génomes[1],[2],[3],[4],[5],[6],[7]. Elle classifie les séquences d'acides aminés en fonction de domaines structurels connus, en les rangeant notamment dans les superfamillesSCOP[8],[9]. Une superfamille est un groupe de protéines qui partagent un ensemble d'éléments appuyant l'idée d'une évolution à partir d'un ancêtre commun sans pour autant présenter nécessairement d'homologie séquentielle détectable[10].
Notes et références
↑(en) Derek Wilson, Ralph Pethica, Yiduo Zhou, Charles Talbot, Christine Vogel, Martin Madera, Cyrus Chothia et Julian Gough, « SUPERFAMILY—sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny », Nucleic Acids Research, vol. 37, no Supplement 1, , D380-D386 (PMID19036790, PMCID2686452, DOI10.1093/nar/gkn762, lire en ligne)
↑(en) Martin Madera, Christine Vogel, Sarah K. Kummerfeld, Cyrus Chothia et Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in 2004: additions and improvements », Nucleic Acids Research, vol. 32, no Supplement 1, , D235-D239 (PMID14681402, PMCID308851, DOI10.1093/nar/gkh117, lire en ligne)
↑(en) Derek Wilson, Martin Madera, Christine Vogel, Cyrus Chothia et Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in 2007: families and functions », Nucleic Acids Research, vol. 35, no Supplement 1, , D308-D313 (PMID17098927, PMCID1669749, DOI10.1093/nar/gkl910, lire en ligne)
↑(en) Julian Gough et Cyrus Chothia, « SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments », Nucleic Acids Research, vol. 30, no 1, , p. 268-272 (PMID11752312, PMCID99153, DOI10.1093/nar/30.1.268, lire en ligne)
↑(en) David A. de Lima Morais, Hai Fang, Owen J. L. Rackham, Derek Wilson, Ralph Pethica, Cyrus Chothia et Julian Gough, « SUPERFAMILY 1.75 including a domain-centric gene ontology method », Nucleic Acids Research, vol. 39, no Supplement 1, , D427-D434 (PMID21062816, PMCID3013712, DOI10.1093/nar/gkq1130, lire en ligne)
↑(en) Matt E. Oates, Jonathan Stahlhacke, Dimitrios V. Vavoulis, Ben Smithers, Owen J.L. Rackham, Adam J. Sardar, Jan Zaucha, Natalie Thurlby, Hai Fang et Julian Gough, « The SUPERFAMILY 1.75 database in 2014: a doubling of data », Nucleic Acids Research, vol. 43, no D1, , D227-D233 (PMID25414345, PMCID4383889, DOI10.1093/nar/gku1041, lire en ligne)
↑(en) Tim J. P. Hubbard, Bart Ailey, Steven E. Brenner, Alexey G. Murzin et Cyrus Chothia, « SCOP: a Structural Classification of Proteins database », Nucleic Acids Research, vol. 27, no 1, , p. 254-256 (PMID9847194, PMCID148149, DOI10.1093/nar/27.1.254, lire en ligne)
↑(en) Antonina Andreeva, Dave Howorth, Steven E. Brenner, Tim J. P. Hubbard, Cyrus Chothia et Alexey G. Murzin, « SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data », Nucleic Acids Research, vol. 32, no Supplement 1, , D226-D229 (PMID14681400, PMCID308773, DOI10.1093/nar/gkh039, lire en ligne)