Fondé en 1707, le séminaire Saint-Nicaise réunit plusieurs fondations faites par MgrColbert. Il est installé derrière le chevet de l’église Saint-Nicaise. Il est fermé de 1721 à 1724, par manque de ressources.
En 1920, les locaux abritent une école primaire supérieure. De 1939 à 1940, les locaux sont réquisitionnés et transformés en hôpital. En , l'école se réinstalle dans la moitié des locaux, l'autre moitié servant de « centre d'accueil » au STO. En 1941, l'école devient un collège, qui prendra le nom de « Fontenelle » en 1957. L'architecture interne du collège a été restructurée en 2006. Il contient actuellement un internat qui est principalement utilisé pour les élèves du conservatoire à rayonnement régional de Rouen.
Maurice Yvart, « La vie d'un écolier au Séminaire Saint- Nicaise et au collège royal de Rouen de 1781 à 1792 et les débuts de la Révolution à Rouen, d'après les souvenirs inédits d'Éloi Pigné », Revue des sociétés savantes de Haute-Normandie, no 7, , p. 53-72.
François Lemoine et Jacques Tanguy, Rouen aux 100 clochers : Dictionnaire des églises et chapelles de Rouen (avant 1789), Rouen, PTC, , 200 p. (ISBN2-906258-84-9, OCLC496646300, lire en ligne)