Son œuvre la plus connue est l'opéra The Immortal Hour. Son opéra de chambre, Bethlehem, remarquable pour les arrangements choraux des hymnes traditionnels de Noël, a été exécuté pour la première fois durant le festival de Noël de Glastonbury en 1915.
Parmi ses autres opéras, citons The Round table (1916), The Maiden Moon (1919), Alkestis (1922), The Queen of Cornwall (1924) et The Lily Maid (1934).
En dehors de ses compositions, Boughton est connu pour avoir organisé le premier festival de Glastonbury, tentant ainsi d'y créer une sorte de « Bayreuth anglais ».
Quatuor pour hautbois, deux Quatuors à cordes, trois chansons pour quatuor de hautbois - Sarah Francis, Quatuor Rasumovsky (29-, Hyperion CDA66936) (OCLC56628127) ;
Musique pour hautbois de Boughton (Somerset pastoral), Harty, Howells, Rubbra - Sarah Francis, hautbois (, Hyperion) (OCLC42859854) ;
Aylesbury Games, Concerto pour flûte, Concerto pour orchestre à cordes - Emily Beynon, flûte ; New London Orchestra, dir. Rondal Corp (22-, Hyperion) (OCLC45854752) ;