Cette rue est ouverte par le département de la Seine sur l'emplacement de l'ancien dépôt des condamnés à mort car les exécutions capitales avaient lieu à cet endroit précis au moyen de la guillotine. Cette machine entreposée au no 60 rue de la Folie-Régnault était transportée devant le portail de la Grande Roquette, devant le no 16 de l'actuelle rue de la Croix-Faubin. De 1851 à 1899, plus de deux cents personnes furent exécutés à cet emplacement dont les anarchistesÉmile Henry et Auguste Vaillant.
Entre 1902 — date de son percement, liée à la démolition de la prison de la Roquette — et 1904, cette rue s'est dénommée « rue Charles-Garnier » avant de recevoir son nom actuel[1].
On peut toujours voir les dalles de pierre qui soutenaient l'échafaud, au nombre de cinq, à l'extrémité du 16, rue de la Croix-Faubin et du 166 bis, rue de la Roquette[2],[3].
Elle prend sa dénomination actuelle par arrêté du .