(à partir de l'embouchure) ruisseau des Pope, ruisseau Birchton, ruisseau Sawyer, ruisseau Saxland, Rivière Clifton, Première Branche de la rivière Eaton, Deuxième Branche de la rivière Eaton, Cours d'eau Thivierge
· Rive droite
(à partir de l'embouchure) ruisseau Gendreau, ruisseau Gosselin, ruisseau Leclerc, Rivière Eaton Nord, ruisseau Alder, cours d'eau Roy, ruisseau Chez Pérusse
De nombreux ruisseaux et différentes branches de la rivière prennent leur source tout près de la crête du nord des Montagnes Blanches et se réunissent sur les flancs près de la frontière entre le Québec et le New Hampshire. Son bassin versant est de 642 km2 sa dénivellation est de 396 m[2].
La petite vallée de la tête de la rivière Eaton (située au Québec) s'avère une continuité de la vallée de la "West Branch" de l'Indian Stream coulant vers le sud dans le New Hampshire pour aller se déverser dans le fleuve Connecticut.
Cours au Québec à partir de la frontière (segment de 19,9 km)
À partir du 9e rang de Saint-Isidore-d'Auckland, à la frontière entre le Québec et le New Hampshire, la rivière Eaton coule vers le nord selon les segments suivants :
7,9 km vers le nord-ouest, jusqu'à la confluence du ruisseau "première Branche de la rivière Eaton" (venant du sud) ;
Cours en aval de la rivière Eaton Nord (segment de 11,9 km)
À partir de la confluence de la rivière Eaton Nord, la rivière Eaton coule sur :
1,4 km vers le nord-ouest, jusqu'au pont de la route 212 ;
2,3 km vers le nord-ouest, en traversant le village de Cookshire jusqu'au pont de la route 108 ;
8,2 km vers le nord, en traversant l'étang Lambert, ainsi que les municipalités de Cookshire-Eaton, Westbury et East Angus, jusqu'à son embouchure.
L'embouchure de la rivière Eaton se déverse sur la rive sud de la rivière Saint-François dans une boucle de rivière contournant la ville de East Angus.
