Historiquement, la famille des Proteocephalidae était la seule de l'ordre des Proteocephalidea, avant l'érection de celle des Monticellidae. Si ces noms de famille sont encore employés, la classification des genres est désormais remplacée par de multiples sous-familles aux relations incertaines. La définition même de nombreux genres reste problématique, avec de possibles paraphylies, et même le genre type, Proteocephalus, serait un agrégat de lignées diverses[1]. Parmi les genres attribués à cette famille, on compte :
(en) Jean Mariaux, Alain de Chambrier, Andrea Waeschenbach, Makda Fisseha et Tomáš Scholz, « A large 28S rDNA-based phylogeny confirms the limitations of established morphological characters for classification of proteocephalidean tapeworms (Platyhelminthes, Cestoda) », ZooKeys, vol. 500, , p. 25–59 (DOI10.3897/zookeys.500.9360)