Albert Johnson est né le à Hempstead, ville de banlieue située dans le comté de Nassau, juste à l'est de New York[2]. Il grandit dans le quartier de Queensbridge, dans l'arrondissement de Queens à New York, puis part vers l'âge de 10 ans à Détroit, enlevé par son père. Sa mère le retrouve et revient à New York en 1985. Il est ensuite envoyé de nouveau à Hempstead chez sa grand-mère. Il est issu d'une famille de musiciens — son grand-père, Budd Johnson, et son grand oncle Keg Johnson ont contribué à l'ère Bebop du jazz[4]. Sa mère, Fatima Johnson, faisait partie du groupe The Crystals[5].
Prodigy est atteint de la drépanocytose et fait ainsi de longs séjours dans les hôpitaux. Cela le pousse à écrire, composer des morceaux sur sa souffrance quotidienne. Il publie son premier album solo, H.N.I.C. (abréviation de Head Nigga In Charge), le au label Loud Records[2],[6], dans lequel il parle de sa maladie et raconte pourquoi et comment il est devenu dépendant au cannabis et à la morphine. L'album, qui fait participer The Alchemist, Rockwilder et Havoc[6], atteint la 18e place du Billboard 200[7]. Le , Prodigy est appréhendé à Cohoes, New York, et inculpé pour possession illégale d'arme et de marijuana[8].
En 2006, avec son groupe Mobb Deep, il signe un album sous le label de 50 Cent, G-Unit Records, le label qui cette année fut le plus vendeur. Il se fait même tatouer « G Unit » sur la main. La suite de son premier album, intitulé H.N.I.C. Pt. 2 chez Voxonic Inc.[9]. À la fin de 2009, son groupe Mobb Deep n'est plus en contrat avec le label G-Unit de 50 Cent[10].
Prodigy est libéré de prison le après avoir purgé depuis fin 2007 une peine de trois ans et demi au centre pénitentiaire de Rikers Island à New York pour détention illégale d'une arme à feu[11],[12]. Il publie son autobiographie à sa sortie de prison, My Infamous Life[13]. Il apparaît également comme personnage jouable dans les jeux vidéoDef Jam Vendetta et Def Jam: Fight for NY. L'album H.N.I.C. 3 suit en 2012 et contient le single avec Wiz Khalifa, Co-Pilot[2]. En 2014, Prodigy annonce en avoir terminé avec la publication de mixtapes[14]. À la fin de 2015, le rappeur assigne Universal Music en justice pour usage sans permission de sa musique[15].
Le , hospitalisé à Las Vegas (Nevada)[16] pour une drépanocytose, il meurt d'étouffement[17], à l'âge de 42 ans[18]. Il est incinéré et ses cendres sont remises à sa famille[19].
