Au cours des siècles suivants, l'archevêché avec ses suffragants est gouverné par des princes-archevêques et sert aussi de point de départ des missions d'évangélisation vers les terres slaves au cours de la Colonisation germanique dans la marche de l'Est saxonne. Toutefois, de vastes territoires au-delà de l'Elbe se perdent avec la grande insurrection des Lutici en 983. L'archevêque Wichmann de Seeburg (mort en 1192) permit à son archidiocèse de prospérer en conférant le privilège du droit de Magdebourg qui a eu une influence considérable sur le droit urbain en Europe de l’Est. La grande cathédrale de Magdebourg, construit sous le règne de l'archevêque Albert de Käfernburg (1205–1232) vient rappeler l'ampleur de l'étendue et l'influence de l'archidiocèse.
En 1478 l'archevêque Ernest de Wettin conquit la ville de Halle-sur-Saale où il fit édifier sa nouvelle résidence favorite, le Moritzburg. À partir de 1479, les archevêques régnaient aussi sur la principauté épiscopale de Halberstadt. Mais en même temps, Magdebourg a été mis sous pression de la part des électeurs de Brandebourg et de Saxe. À la suite de la réforme protestante au XVIe siècle, la foi luthérienne fut acceptée par une frange importante de la population dans les pays épiscopaux. Les citoyens de Magdebourg s'allièrent à la ligue de Smalkalde en 1531 et ont refusé d'adopter l'Intérim d'Augsbourg de 1548. L'archevêché commença à être gouverné par des administrateurs en 1545 et certains d'entre eux, comme Sigismond de Brandebourg, furent luthériens.