De 1974 à 1977, est l’un des douze représentants suisses à l’Assemblée parlementaire du Conseil de l'Europe[1]. Membre de la commission des affaires politiques, il en est le rapporteur et traite à ce titre notamment de l’admission du Portugal dans l'organisation de Strasbourg[1],[3].
De 1971 à 1977, il préside le Conseil de l'université de Neuchâtel[1]. Il est également vice-président du comité central de l'Association Suisse-Israël[1].
Il est le premier responsable des affaires étrangères à définir une politique suisse des droits de l’homme. Il effectue une visite en Afrique en 1979 et signe un communiqué condamnant l’apartheid avec le président du Nigeria, ce qui lui vaut la critique des milieux nationalistes[4],[5]. Il est aussi le premier chef de la diplomatie à établir des relations officielles avec l’OLP et reçoit Farouk Kaddhoumi le à Berne[6],[7]. En 1981, il préside pendant six mois le Conseil des Ministres du Conseil de l'Europe[1].
En 1983, alors qu'il préside la Confédération[1], il reçoit le président français François Mitterrand[8]. En 1985, ce dernier se rend également à Auvernier, le village où Pierre Aubert, qui y réside, l'a invité pour une visite privée[8]. Le président français conduit lui-même la voiture depuis Les Verrières jusqu'au bord du Lac de Neuchâtel[8], démarche qui suscite l'étonnement des personnalités présentes dont Roland Dumas.
Pierre Aubert défend en vain l’adhésion de la Suisse à l’ONU qui est repoussée par 76 % des électeurs en 1986[1].
Il est à nouveau président de la Confédération suisse en 1987[1].
Pierre Aubert est le beau-père de l'ambassadeur Armin Ritz[11] et le cousin du constitutionnaliste Jean-François Aubert[12]. Son épouse Annelise est décédée en 2006.