Dès 1968, Pierre-Yves Hénin a contribué au débat sur la réforme des études d’économie à l’université. Au cours de sa carrière, il a été conduit à exercer diverses responsabilités administratives, notamment comme directeur de l'UER, puis de l'UFR de sciences économiques de l'Université Panthéon-Sorbonne de 1978 à 1982 puis de 1985 à 1990, et comme vice-président du conseil scientifique de cette université de 1982 à 1989 et de 1993 à 2004. Il a été responsable de diverses formations de l’université : de 1980 à 2000, du DEA « analyse macroéconomique et modélisation », ainsi que de 1985 à 1996 du magistère d'économie[9] de l'université Panthéon-Sorbonne (magistère commun à l'EHESS et à l'École normale supérieure).
En , il a été élu président de l'université Panthéon-Sorbonne, fonction exercée jusqu’en . Comme président de Paris 1, il a notamment négocié la participation de cette université à l’École d'économie de Paris[10] ainsi qu’au campus Condorcet[11].
En 1974, il a fondé le Centre de recherche MAD de l'université Paris-I (MAD : « macroéconomie et analyse des déséquilibres »), unité de recherche associée au CNRS no 926, qu’il a dirigé jusqu’en 1990. Investi dans les applications des méthodes quantitatives à la politique économique, il en a été appelé en 1991, et jusqu’en 2004, à la direction du Centre pour la recherche économique et ses applications (CEPREMAP), organisme dépendant alors du Commissariat général du Plan. Parallèlement à son activité de recherche, Pierre-Yves Hénin s’est investi dans diverses sociétés scientifiques :
à l'Association européenne d'économie (European Economic Association), comme membre élu du comité exécutif (1988 – 1992) ;
à l'Association française de Sciences économiques, en particulier comme vice-président (1994-1995) et président[16] (1995-1997).
Depuis son départ à la retraite en 2009, il se consacre à des recherches sur les premiers mois de la Première Guerre mondiale. Il est notamment l'auteur d'un ouvrage de référence consacré au plan Schlieffen et ses perceptions en France et en Allemagne.
Avec Ahmet Insel, il propose le concept de National-capitalisme autoritaire (NaCA) pour rendre compte des régimes qui associent une économie capitaliste avec des pratiques politiques autoritaires, justifiées par un discours nationaliste ou identitaire.
Publications
(en) Macrodynamics: Fluctuations and Growth, Londres, Routledge and Kegan Paul, 1986. Traduction de Macrodynamique : fluctuations et croissance, Paris, Economica, 1re éd. 1979, 2e éd. 1981
Études sur l'économie en déséquilibre, Paris, Economica, 1980 (coordination et contribution)
Croissance et accumulation du capital en déséquilibre, Paris, Economica, 1982 (codirection et contributions)
Déséquilibres en économie ouverte, Paris, Economica, 1985 (codirection et contribution)
L'indexation des salaires : fondements et implications macroéconomiques, Paris, Economica, 1987 (codirection et contributions)
La persistance du chômage, Paris, Economica, 1993 (coordination et contributions)
L'équilibre macroéconomique, Paris, Economica, 1993, 2e édition, 1995
Le National-Capitalisme autoritaire, une menace pour la démocratie, (avec Ahmet Insel), Saint-Pourçain sur Sioule, Editions Bleu autour, Essais & Cie, 2021, (ISBN978-2-35848-156-4)
↑Dominique Bureau, Didier Miqueu et Michel Norotte, « Déséquilibre et modèles macroéconomiques », Économie & prévision, no 65, , p. 3-43 (lire en ligne).
↑(en) Advances in Business Cycle Research : With Application to the French and US Economies, Pierre-Yves Hénin (présentation en ligne)