Il est ensuite recteur d'académie de Besançon (1989-1992) et de Toulouse (1992-1997). Il préside une commission ministérielle sur l'enseignement de l'histoire-géographie préconisant le renforcement de l'histoire des religions, des sciences et des arts de 1988 à 1989. Il est l'auteur d'un rapport sur la Grande pauvreté et réussite scolaire (1993) et préside la commission de programmes pour l’école primaire (2001-2002).
Recherches
Philippe Joutard est un spécialiste reconnu d'histoire religieuse, consacrant plusieurs ouvrages au mouvement camisard du début du XVIIIe siècle et à l'histoire religieuse de la France, dirigeant notamment le volume 3 de l'Histoire de la France religieuse de Jacques Le Goff et René Rémond, intitulé Du roi très chrétien à la laïcité républicaine : XVIIIe – XIXe siècle[4] ou des ouvrages d'histoire régionale, sur les Cévennes[5].
Responsabilités institutionnelles et associatives
Philippe Joutard est président du Club cévenol de 1975 à 2001 et membre honoraire de l'Académie de Nîmes (après en avoir été membre non résidant)[6].
Il appartient à l'équipe fondatrice de la revue L'Histoire en 1978[7]. Il est membre de son comité scientifique et y rédige régulièrement des articles.
Publications
Ouvrages
Les Camisards, coll. archives, Gallimard / Julliard, Paris,1976, textes choisis et présentés par Ph. Joutard.
La légende des camisards : une sensibilité au passé, Paris, Gallimard, coll. « Bibliothèque des histoires », 1977, 439 p.
Ces voix qui nous viennent du passé, Paris, Hachette, 1983[8]
L'Invention du Mont Blanc, Gallimard, coll. « Archives », 1986
Réussir l’École, avec Claude Thélot, coll. « L'épreuve des faits », Le Seuil, 1999
De la francophilie en Amérique, avec Geneviève Joutard, Actes Sud, 2006
↑Philippe Joutard et Anne-Marie Granet-Abisset, « Histoires de vie, histoire dans la vie. Philippe Joutard et l'histoire orale à la française », Entretiens des 4 octobre et 12 décembre 2012, Sociétés & Représentations, 2013/1 (n° 35), p.183-207, [lire en ligne]
↑La Légende des Camisards. Une sensibilité au passé, Gallimard, 1977.
↑Du roi très chrétien à la laïcité républicaine : XVIIIe – XIXe siècle, Jacques Le Goff et René Rémond (dir.), Histoire de la France religieuse
Patrick Cabanel, Anne-Marie Granet-Abisset et Jean Guibal (éd.), Montagnes, Méditerranée, mémoire : mélanges offerts à Philippe Joutard, Grenoble, Musée dauphinois ; Aix-en-Provence, Publications de l'université de Provence, 2002. 638 p.