Après avoir entendu une cloche sonner, les protagonistes de Persona 4 se retrouvent piégés dans une version alternative de leur lycée, Yasogami High. Tandis que les protagonistes de Persona 3 sont téléportés dans la Velvet Room, et se retrouvent soudain eux aussi téléportés dans la version alternative de Yasogami High. Découvrant un labyrinthe dans l'école, les protagonistes rencontrent deux étudiants amnésiques, Zen et Rei, et décident d'explorer le labyrinthe, en combattant les "shadows" à l'intérieur, pour essayer de faire revenir la mémoire à Zen et Rei et trouver un moyen de s'échapper. Les deux groupes d'étudiants exploreront les quatre labyrinthes en faisant retrouver la mémoire à Zen[2].
Développement
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La série Persona est généralement connue pour reprendre quelques éléments du manga JoJo's Bizarre Adventure : Les Stands, ces "invocations" allouées aux protagonistes, et l'attachement à une Arcane du Tarot divinatoire, par exemple. A un moment de l'intrigue de l'équipe de Persona 3, les protagonistes de Persona 4 font leur introduction en reprenant les "JoJo poses", des postures assez atypiques reprises de manière humoristique par la culture mème d'Internet.