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Paul Konerko est drafté dès la fin de ses études secondaires à la Chaparral High School de Scottsdale. Le 2 juin1994 il est choisi par les Dodgers de Los Angeles au premier tour de sélection (13e choix)[4].
En fin de contrat à l'issue de la saison 2005, Konerko prolonge chez les Sox en s'engageant pour cinq ans contre 60 millions de dollars[7]. Les White Sox le nomment capitaine de l'équipe en 2006, un rôle qu'il remplit jusqu'à la fin de sa carrière[1].
Il participe une troisième fois au Match des étoiles en 2006.
Konerko reçoit en 2010 sa quatrième invitation à la partie d'étoiles. Il termine la saison avec 39 circuits et 111 points produits. Seul José Bautista, des Blue Jays de Toronto, frappe davantage de circuits que lui dans la Ligue américaine. Il est une fois de plus considéré pour le titre de joueur par excellence de la saison, mais prend le cinquième rang du scrutin remporté par Josh Hamilton, des Rangers du Texas[8].
Devenu agent libre au terme de la saison, Konerko est un des joueurs les plus convoités de l'entre-saison. Les rumeurs l'envoient notamment en Arizona ou au Texas, mais le 8 décembre les White Sox annoncent que leur puissant frappeur a conclu une nouvelle entente de trois saisons pour 37,5 millions de dollars[9].
Le , il frappe son 2000e coup sûr en carrière, devenant le 13e joueur des White Sox à en frapper autant avec cette équipe[10]. Il maintient une moyenne au bâton de ,300 durant la saison et claque 31 circuits : c'est sa 7e saison, et la 2e consécutive, avec 30 longues balles ou plus. Avec 105 points produits, il joue une 2e saison de suite et une 6e en carrière de 100 points produits ou plus. Oublié par le gérant de l'équipe d'étoiles de la Ligue américaine pour le match des étoiles de mi-saison à Phoenix, Konerko est finalement voté par les partisans de baseball[11] et honore ainsi sa 5e sélection. À la fin de l'année, il termine 13e au vote du joueur par excellence de la saison dans la Ligue américaine[12].
Il reçoit en 2012 une sixième sélection au match d'étoiles et maintient durant l'année une moyenne de ,298 avec 26 circuits et 75 points produits en 144 matchs.
Aligné dans 122 parties des White Sox en 2013, il claque 12 circuits, récolte 54 points produits mais sa moyenne au bâton chute à ,244. À quelques semaines de ses 38 ans, Konerko envisage la retraite mais décide de revenir avec les Sox pour la saison 2014 dans le rôle de joueur de premier but et frappeur désigné[14].