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Les fonctionnalités de PC Tools ont évolué au cours de sa durée de vie. La toute première version 1.0 (en 1986) était un gestionnaire de fichiers permettant seulement de copier, déplacer, effacer, analyse des fichiers et (surtout) de récupérer des fichiers effacés.
La version 4 était capable d'effectuer la défragmentation d'un disque dur.
La dernière version 7.0 (1991) incluait un anti-virus, un outil de sauvegarde, un éditeur hexadécimal de disque, un outil de chiffrement, un petit gestionnaire de bases de données.