De l'enseignement supérieur de la théologie en France, Paris, 1871.
Un pape alsacien : essai historique sur Saint Léon IX et son temps, E. Plon et Cie, 1876.
Les Normands en Italie depuis les premières invasions jusqu'à l'avènement de S. Grégoire VII (859-862. 1016-1073), E. Leroux, 1883. (lire en ligne).
Saint Grégoire VII et la réforme de l'église au XIe siècle, Volume 1, Retaux-Bray, 1889.
L'Église de Paris pendant la Révolution française, 1789-1801, 3 vol., Paris, 1884-1897, prix Thérouanne de l’Académie française, 1898.
Esquisses et croquis (son autobiographie), Paris, 1891.
Bibliographie
Jean-Marie Mayeur, François Laplanche, Dictionnaire du monde religieux dans la France contemporaine. 9. Les sciences religieuses : le XIXe siècle : 1800-1914, Éditions Beauchesne, 1996. (ISBN2-7010-1341-0)