Nextstrain

Nextstrain est une collaboration entre des chercheurs de Seattle, aux États-Unis[1] et de Bâle, en Suisse[2] qui fournit une collection d'outils open source pour visualiser la génétique impliquée dans la propagation des épidémies virales[3].

Son objectif est de soutenir les mesures de santé publique et la surveillance en facilitant la compréhension de la propagation et de l'évolution des agents pathogènes. La plateforme Nextstrain a été lancée en 2015[2]. Le code développé par Nextstrain est rendu accessible au public, via, par exemple, github.com et ses données sont disponibles et consultables sous une forme accessible via les pages du site Web[4].

Applications

Selon leur site Web, l'équipe Nextstrain maintient une analyse génomique à jour de chacun des agents pathogènes suivants[5] :

• Grippe aviaire,
• Dengue,
• Entérovirus D68,
• Rougeole,
• Oreillons,
• SARS-CoV-2,
• Grippe saisonnière,
• Tuberculose,
• Virus du Nil occidental,
• Épidémie de maladie à virus Ebola en Afrique de l'Ouest,
• Virus Zika.

Pandémie de Covid-19

Nextstrain et ses résultats ont été largement cités pendant la pandémie de Covid-19[6],[7].

Prix

En mai 2020, Nextstrain et Trevor Bedford (professeur agrégé, Fred Hutchinson Cancer Research Center)[8] ont reçu un Webby Special Achievement Award pour l'outil Web[9].

Voir aussi

• GISAID
• PANGOLIN

Références

1. Richards, « How coronavirus mutations can track its spread—and disprove conspiracies », www.nationalgeographic.com, 26 mars 2020 (consulté le 25 décembre 2020)
2. « Spread of a novel SARS-CoV-2 variant across Europe in summer 2020 », www.unibas.ch, 29 octobre 2020 (consulté le 25 décembre 2020)
3. Reza, « nextstrain RNA, DNA, and COVID-19] », earlycareervoice.professional.heart.org, 6 avril 2020 (consulté le 25 décembre 2020)
4. Hadfield, Megill, Bell et Huddleston, « Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution », Bioinformatics, vol. 34, n^o 23,‎ 22 mai 2018, p. 4121-4123 (ISSN 1367-4803, PMID 29790939, PMCID 6247931, DOI 10.1093/bioinformatics/bty407)
5. « Nextstrain Real-time tracking of pathogen evolution Section 'Explore pathogens », nextstrain.org (consulté le 26 décembre 2020)
6. Drake, « The Science Behind London’s Christmas Coronavirus Lockdown », www.forbes.com, 19 décembre 2020 (consulté le 25 décembre 2020)
7. Hodcroft, Zuber, Nadeau, Comas, González Candelas, Stadler et Neher, « Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020 », www.medrxiv.org, 28 octobre 2020 (DOI 10.1101/2020.10.25.20219063, consulté le 10 mars 2021)
8. « 40 Under 40 Healthcare », fortune.com (consulté le 29 décembre 2020)
9. « Webby Special Achievement », winners.webbyawards.com (consulté le 29 décembre 2020)

Liens externes

• Site officiel