En 2000, il est directeur de la technologie et vice-président d'Illumina[1]. Avant d'occuper ce poste, il était chercheur principal et associé de recherche principal au Stanford Genome Technology Center de l'Université de Stanford, où il se concentrait sur le développement de techniques analytiques pour les diagnostics moléculaires.
En 1998, il a décrit avec Pål Nyren et Mathias Uhlen[3] une variante basée sur des solutions de la technologie de pyroséquençage et a cofondé Pyrosequencing AB (rebaptisé Biotage en 2003). Il a co-inventé le test Molecular Inversion Probe et a cofondé ParAllele BioScience pour développer cette technologie multiplexée pour les tests génétiques. ParAllele a été acquis par Affymetrix en mai 2005. En 2005, il a cofondé NextBio, un moteur de recherche de données sur les sciences de la vie acquis par Illumina en 2013 [4]. Il siège également au conseil d'administration d'IntegenX et d'Aurora Biofuels. En 2008, Ronaghi et Helmy Eltoukhy ont co-fondé Avantome, une société de séquençage d'ADN qui a été acquise par Illumina en juillet 2008 [5].
Publications
Parmi ses quelque 50 articles publiés dans des revues évalués par des pairs figurent les publications décrivant les tests de pyroséquençage et de sonde d'inversion moléculaire et d'autres techniques :
↑Ronaghi, Uhlén et Nyrén, « A sequencing method based on real-time pyrophosphate », Science, vol. 281, no 5375, , p. 363–365 (PMID9705713, DOI10.1126/science.281.5375.363)